Реабилитация фактически разбивается на два этапа.
Первый этап - снятие спастики, включение в работу атонических мышц, восстановление генетически заданной петли сенсорной коррекции. Без реализации этих задач восстановление нормальной моторной активности невозможно.
Опираясь на полученные нами результаты, мы предполагаем, что состояние спастики или атонии - генетически заданные функциональные состояния, в которые переводится организм при существенных поражениях ЦНС или травмах. Возможно, в качестве защитной реакции на время, пока вегетативная нервная система восстанавливает на физиологическом уровне гомеостаз - поддержание постоянства внутренней среды. И выход из этого промежуточного состояния возможен если не всегда, то в большинстве случаев, если ЦНС получает адекватную, необходимой длительности и интенсивности информацию. Эта возможность практически не зависит от возраста (срока, прошедшего после поражения ЦНС).
Второй этап связан с необходимостью формирования новых функциональных связей ЦНС. Это фактически определяет длительность реабилитации.
Предположим, что из-за наличия аномальных функциональных связей, возникших в возрасте до 1 года, у ребенка до 7-летнего возраста была спастика или атония мышц, в результате чего он не  мог самостоятельно ходить. Что будет, если каким-то образом отключить все аномальные связи и включить генетически заданные? Станет ли этот ребенок бегать и прыгать так же, как и его сверстники? 
Конечно же нет. Ему предстоит пройти все стадии формирования условных рефлексов по выработке движений, реакций во всевозможных ситуациях. Т.е., то, что называется двигательными стереотипами. Причем, это осложняется подключением сознательных защитных реакций. Такой ребенок знает, что такое боль, что будет, если он упадет. В чем-то это будет ускорять выработку двигательных навыков, а в чем-то и замедлять. Но в любом случае ему придется пройти все стадии выработки двигательных рефлексов, которые прошли его сверстники.
Существенно влияющим на скорость восстановления является степень сформированности аномальных двигательных стереотипов. Двигательные стереотипы – это своеобразная библиотека образов, которыми мозг пользуется для реализации двигательной задачи.
Предположим, вы ремонтируете машину в мастерской. Для снятия и замены какого-либо из узлов машины в мастерской имеется определенный необходимый набор инструментов. Работа в такой ситуации достаточно проста. В домашних условиях полного комплекта инструментов не бывает. Тогда приходится либо приспосабливаться и использовать подручные средства, зачастую малопригодные для этой цели, либо откладывать ремонт, пока не будут найдены необходимые инструменты. Ремонт существенно затрудняется и занимает больше времени.
Так и в нашем случае. Двигательные образы, накопленные в памяти – это инструменты и запчасти, которыми пользуется мозг. Поэтому, даже после полного восстановления всех сенсорно-аналитических функций, мозг сможет пользоваться только образами, накопленными во время реабилитационного курса и до него и хранящимися в памяти. Аномальные связи и рефлексы будут уходить постепенно, в связи с чем ему придется постоянно переучиваться, а из спортивной практики хорошо известно, что переучивать неправильное движение гораздо труднее, чем сразу выучить правильно. Тем не менее, это будет путь прогресса, что является самым большим стимулом к развитию. 
Суммируя вышесказанное, процесс реабилитации по нашему методу протекает следующим образом.
Во время первого курса снимается спастика или включаются в работу мышечные группы, на которые удается оказать адекватное воздействие. Степень восстановления за один курс определяется возможностями организма по усвоению новой информации и объемом поражений ЦНС. В зависимости от интенсивности тренировок в промежутке между курсами происходит наработка двигательных стереотипов и, что важно, меняются на уровне физиологии мышцы и связки, которые были изменены из-за ограничений в движениях, восстанавливается их сила и баланс быстрых (фазических) и медленных (тонических) мышечных волокон.. Этот процесс достаточно инерционен, так как определяется скоростью деления и роста клеток.
Второй и последующий курсы, если они необходимы, призваны завершить процессы снятия спастики и включения атонических мышц, а также в ускоренном режиме записать в память основные двигательные стереотипы.
Это основная схема, которая в существенной степени модифицируется с учетом конкретного состояния конкретного пациента.